求助：跑完mdrun后检查是否平衡时能量各项和的序号和实际文件对应错乱

dahai7719

老师您好，我刚学习Gromacs, 用讲义当中homo\waterbox 的例子跑完平衡相和产生相的mdrun后，查看是否充分达到平衡，发现能量项的序号对应输出的各项文件是错乱的，选密度，结果输出的是温度，选能量输出的文件却是密度，有的时候重复一次或者两次又是对的，很奇怪，我仔细检查了能量各项，发现能量项比讲义上多了一项（图中的 8： Conserved-En），附图中贴上了错乱的内容，好像每次提取指定的相同能量项都不一样，除了产生了一个下面的NOTE之外，并没有其他提示
NOTE 1 [file prod.mdp]:  You have set rlist larger than the interaction cut-off, but you also have
  verlet-buffer-tolerance > 0. Will set rlist using verlet-buffer-tolerance.

sobereva

edr文件中有哪些项，和mdp设置有关，也有可能和gromacs版本有关。选的序号一律以屏幕上提示的为准
要看energy.xvg，不要打开自动备份出来的带#的xvg文件

dahai7719

sobereva 发表于 2023-12-16 23:25
edr文件中有哪些项，和mdp设置有关，也有可能和gromacs版本有关。选的序号一律以屏幕上提示的为准
要看ene ...

明白了老师，谢谢