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[GROMACS] 求助组分与水的相互作用能为0(LJ-SR与Coul-SR)

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楼主
sob老师好、各位老师好,

我在模拟PEG接枝金簇与小分子钙黄绿素在水中吸附相关探究,在分析与金簇(AOL)有弱吸附的钙黄绿素(BOL)与水的相互作用时,发现相互作用能为0(LJ-SR与Coul-SR),而未吸附的钙黄绿素(MOL)则是与水相互作用能不为0(LJ-SR为-8k,Coul-SR为-2w)。因此,想问一下这种情况是为什么呢,因为我看vmd时那些弱吸附的钙黄绿素明明和水有接触,不应该多多少少会有作用能,如果没有的话,未吸附的钙黄绿素不也应该没有作用能?
我的计算是后续通过改mdp文件rerun算相互作用能的,gro和mdp文件在附件。

谢谢各位老师,祝工作顺利!
NPT1.mdp (661 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

energy.xvg (30.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 00:54:14 | 只看该作者 Only view this author
gro文件太大,我进行了压缩。

COOHCOL.7z

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发表于 Post on 2023-12-22 02:07:12 | 只看该作者 Only view this author
这种事一般都是组的定义有问题。注意序号和结构文件的对应关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 07:28:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 02:07
这种事一般都是组的定义有问题。注意序号和结构文件的对应关系

sob老师你好,我是人为地把gro里面的钙黄绿素改成BOL和MOL,它们在之前的NPT里都是MOL,序号是根据VMD里面的resid里面的序号提取的,然后将对应的XMOL替换为XBOL,而且我在makendx里数目是对的上的,应该是没有错的,不知道您说的这个序号和结构文件的对应关系是什么呢?
或者我将这个ndx分组后的gro再跑个1ns来产出能量试试,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2023-12-22 16:09:21 | 只看该作者 Only view this author
JefferSon 发表于 2023-12-22 07:28
sob老师你好,我是人为地把gro里面的钙黄绿素改成BOL和MOL,它们在之前的NPT里都是MOL,序号是根据VMD里 ...

直接在make_ndx里根据gro里的残基名产生组的定义

也可能计算流程有什么问题,导致edr文件里没有相应的组之间相互作用能信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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