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[CP2K] cp2k软件做AIMD模拟时出现的问题

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本帖最后由 learn-GAUSSIAN 于 2023-12-23 16:54 编辑

最近在用cp2k软件做AIMD模拟MOF周围水分子之间的质子传递过程,该过程牵扯着氢键的断裂,我想请问一下,如果用GFN1-xTB能不能观察到氢键的断裂,如果一定要设置电子温度的话那就不能开OT,速度就会降下来,有什么好点的意见吗?此外还在考虑采用周期性结构还是孤立体系放在大盒子中跑,哪个更好一些

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发表于 Post on 2023-12-24 01:01:31 | 只看该作者 Only view this author
甭用GFN1-xTB,描述纯水不理想,密度都严重离谱,很可能是对水之间的氢键描述不理想所致
起码用最便宜的能用的选择PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH
若无特殊情况就当周期性跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-24 13:04:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-24 01:01
甭用GFN1-xTB,描述纯水不理想,密度都严重离谱,很可能是对水之间的氢键描述不理想所致
起码用最便宜的能 ...

谢谢老师,我还有一个疑问就是我在做NPT时,我想做固定原子绝对位置冻结的NPT_IA,在利用Multiwfn进行部分原子冻结之后发现输出的轨迹中原子还是移动的,后来查了一下,固定是固定的原子分数坐标,该如何解决?

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发表于 Post on 2023-12-24 21:03:08 | 只看该作者 Only view this author
learn-GAUSSIAN 发表于 2023-12-24 13:04
谢谢老师,我还有一个疑问就是我在做NPT时,我想做固定原子绝对位置冻结的NPT_IA,在利用Multiwfn进行部 ...

没法固定绝对坐标,本来也没固定的意义
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发表于 Post on 2023-12-25 16:32:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 七尺贱 于 2023-12-25 19:16 编辑
sobereva 发表于 2023-12-24 01:01
甭用GFN1-xTB,描述纯水不理想,密度都严重离谱,很可能是对水之间的氢键描述不理想所致
起码用最便宜的能 ...

老师xtb中有描述水环境中的质子转移比较合理的方法吗

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发表于 Post on 2023-12-26 02:24:06 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2023-12-25 16:32
老师xtb中有描述水环境中的质子转移比较合理的方法吗

没有令人放心的
没必要冒险
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-30 11:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-24 21:03
没法固定绝对坐标,本来也没固定的意义

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-30 11:16:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-24 21:03
没法固定绝对坐标,本来也没固定的意义

还有一个问题,请问老师cp2k中怎么设置负背景电荷,我看了一篇文献说是在Ewald字段可以设置,但是去手册上看没有找到具体设置负背景电荷的方法,期待老师的回复

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发表于 Post on 2023-12-31 10:28:12 | 只看该作者 Only view this author
learn-GAUSSIAN 发表于 2023-12-30 11:16
还有一个问题,请问老师cp2k中怎么设置负背景电荷,我看了一篇文献说是在Ewald字段可以设置,但是去手册 ...

如果你是指符号相反的均匀的补偿背景电荷,当你做带电体系的周期性计算时自动就会考虑
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