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[GROMACS] 怎么对修饰过的单晶得到固体结构

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请问,想对单晶结构加一些基团做修饰然后跑GROMACS模拟固体结构,加完基团后怎么堆积呢,我想的是如果基团比较大的话,按照原来单晶的堆积会发生干涉。

我是看的这篇文献:10.1016/j.chemphys.2023.112080,对有单晶结构的CzTrzBp加氰基然后跑GROMACS做QM/MM得到固体结构,不知道加完氰基后怎么堆积然后去跑分子动力学。




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发表于 Post on 2023-12-26 04:23:52 | 只看该作者 Only view this author
修改基团后,需要做晶体结构搜索才能得到相应分子的单晶结构。基团的简单改变就可能造成晶体结构中分子排列的显著改变,不可能跑个简单动力学就得到新的单晶结构

文献里那只是无定型结构或者团簇结构而已
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 10:04:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-26 04:23
修改基团后,需要做晶体结构搜索才能得到相应分子的单晶结构。基团的简单改变就可能造成晶体结构中分子排列 ...

谢谢老师指点,非常感谢。请问晶体结构搜索是通过http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html这篇博文中的方法获得吗,望老师指点。

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发表于 Post on 2023-12-27 01:11:30 | 只看该作者 Only view this author
11122233 发表于 2023-12-26 10:04
谢谢老师指点,非常感谢。请问晶体结构搜索是通过http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html这篇博文中 ...

没直接关系
要用晶体结构预测程序,诸如USPEX等
做动力学也不是不能预测晶体,原则上通过非常缓慢的退火模拟得到晶体结构也可以,但模拟需要的时间尺度极长
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 09:43:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-27 01:11
没直接关系
要用晶体结构预测程序,诸如USPEX等
做动力学也不是不能预测晶体,原则上通过非常缓慢的退 ...

谢谢老师指点

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