结合能计算时结合体建模的问题？

yuela · 发表于 Post on 2023-12-31 22:18:39

结合体在建模时，已经优化好的单分子结构可以变吗？应用b3lyp/6-31g(d,p)优化结合体

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-1 03:46:36

柔性分子之间形成复合物的时候分子的构象经常发生显著变化。这也是为什么优化复合物结构之前先对单分子做结构优化往往是无意义的事

别试图B3LYP不带色散校正优化弱相互作用复合物，这年几乎一定挨批
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

yuela · 发表于 Post on 2024-1-1 16:10:32

sobereva 发表于 2024-1-1 03:46
柔性分子之间形成复合物的时候分子的构象经常发生显著变化。这也是为什么优化复合物结构之前先对单分子做结 ...

谢谢老师，可以问下如何判断是柔性分子？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-2 03:57:11

yuela 发表于 2024-1-1 16:10
谢谢老师，可以问下如何判断是柔性分子？

有容易旋转的键就算

yuela · 发表于 Post on 2024-1-3 14:59:51

sobereva 发表于 2024-1-2 03:57
有容易旋转的键就算

那老师再算这种结合能时，需要把结合体优化好的结构单个分子分开再算能量吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 10:33:12

yuela 发表于 2024-1-3 14:59
那老师再算这种结合能时，需要把结合体优化好的结构单个分子分开再算能量吗？

每个分子单独优化然后算高精度单点

yuela · 发表于 Post on 2024-1-5 14:48:09

sobereva 发表于 2024-1-4 10:33
每个分子单独优化然后算高精度单点

好的谢谢老师！

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