gmx hbond -ang时报错该如何解决

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-1-4 09:40:18

本帖最后由 shiguang123 于 2024-1-4 09:41 编辑

计算体系中水分子之间所形成的氢键角度时，提示Can't combine merging hbonds and writing angle distribution，想问一下是什么原因，输入的命令为 gmx hbond -f ../prod.xtc -s ../prod.tpr -n ../index.ndx -b 80000 -e 100000 -ang
另外在计算氢键数目，寿命和距离时，加 -dt 100 可以计算，不加时，算400帧后被自动killed是什么原因呀。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 10:15:16

加上-nomerge

可能内存不够。换个机子或者换个版本再试

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