使用gromacs计算空间分布函数的问题

田小甜

我在用gromacs生成grid.cube文件时，
第一步：以所有要研究的分子为中心分子建一个组，以体系中所有水建一个组，用这两个组计算sdf。
第二步：使中心分子在盒子内居中, 同时所有其他分子处于盒子内
gmx_mpi trjconv -s md0.tpr -f md0.trr -n sdf.ndx -o md0_cnt.xtc -center -ur compact -pbc mol
Select group for centering时选择中心分子组, Select group for output时选择System组
第三步：按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动
gmx_mpi trjconv -s md0.tpr -f md0_cnt.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组。
就是第三步，一直报错，错误如下：
Select group for output
Group     0 (         System) has 16401 elements
Group     1 (          Other) has 16401 elements
Group     2 (            P44) has 10600 elements
Group     3 (            cf3) has  1400 elements
Group     4 (            SPC) has  4401 elements
Select a group: 4
Selected 4: 'SPC'
Reading frame       0 time    0.000   
Precision of md2_cnt.xtc is 0.001 (nm)
Using output precision of 0.001 (nm)

Back Off! I just backed up md2_cnt_fit.xtc to ./#md2_cnt_fit.xtc.1#

-------------------------------------------------------
Program trjconv_mpi_d, VERSION 4.6.3
Source code file: /public/software/Gromacs/gromacs-4.6.3/src/tools/gmx_trjconv.c, line: 1312

Fatal error:
Index[0] 12001 is larger than the number of atoms in the
trajectory file (4401). There is a mismatch in the contents
of your -f, -s and/or -n files.

请各位老师帮帮忙！

田小甜

我弄不明白它说的12001是从哪来的？

anoak

我也是这样
第二组选了system又好了

anoak

你后面画出这个图了吗

sobereva

anoak 发表于 2017-12-2 11:59
你后面画出这个图了吗

本论坛的规矩：有具体问题直接问。不要让别人不知道你到底想问什么，否则是个废贴。

Exodus

我最近在使用的时候也发现了这个问题，其实Index是index.ndx文件里的编号，它包含了体系中所有的原子。而后面的trajectory file里面只包含了选定group里面的原子。不过我也是初学者，不知道怎么解决这个问题，还是说现在gromacs有别的方法可以处理SDF

一枚研究生

您好，请问这个问题解决了吗