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[GROMACS] 模拟油/水界面后,密度分布结果不好,曲线不平滑

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各位老师好,我的体系是模拟表面活性剂在油/水界面的行为,我用Multiwfn脚本调取g09进行分子优化,然后拟合RESP电荷,后用acpype转化得拓扑文件。然后用最陡下降法进行能量最小化,NPT30ns,最后md模拟200ns,但是我最后得到的数据不太好,图形波动很大,想请教一下是什么问题?以下附上我的mdp文件以及密度分布图。

Untitled.png (36.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

我模拟完得到的密度分布图

我模拟完得到的密度分布图

屏幕截图 2023-12-15 180258.png (57.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

别人文献里的图,也是正常应该得到的图像样子。

别人文献里的图,也是正常应该得到的图像样子。

md.mdp

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npt.mdp

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发表于 Post on 2024-1-19 02:29:32 | 只看该作者 Only view this author
可能模拟的时间不够长,统计误差太大。保存的帧数间隔也可以改小点,这样被统计的帧数还能多点。
如果不想增加模拟时间,也可以把那两种分子数目多增加一些
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-29 09:09:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 02:29
可能模拟的时间不够长,统计误差太大。保存的帧数间隔也可以改小点,这样被统计的帧数还能多点。
如果不想 ...

老师,我重新模拟了300ns,而且也把分子数增多了,把保存的帧数间隔改成了nstenergy=50,但是模拟出来还是油的密度分布波动很大。我看的这类型文献能量最小化都是采用最速下降和共轭梯度法,但我们实验室的主机不支持共轭梯度法双精度,所以我只进行了最速下降法能量最小化。而且我能量最小化的时候会出几个pdb文件,但是没有报错,我想问您最后这个结果不准确是不是也和我能量最小化不彻底有关系呢?

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发表于 Post on 2024-1-30 03:42:05 | 只看该作者 Only view this author
呀芽芽 发表于 2024-1-29 09:09
老师,我重新模拟了300ns,而且也把分子数增多了,把保存的帧数间隔改成了nstenergy=50,但是模拟出来还 ...

nstenergy影响的是edr文件写入频率,跟轨迹文件写入频率是两码事,要改的是nstxout或nstxout-compressed
跟能量极小化算法毫无联系,MD跑起来之后很快就会“忘记”初始状态了
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