如何用VMD确定配体没跑出去的帧数和选取结合最好的10ns进行结合能的计算？

千山非雪

新人小白，正在学习分子动力学。
原配体分子动力学，最后算出的结合能有问题，看了轨迹文件发现配体跑出了蛋白，一共是100ns的轨迹，如何用VMD确定没跑出去的帧数和选取结合最好的10ns进行结合能的计算？

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “求助！分子动力学” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

sobereva

根据具体结构，自定义个标准写VMD tcl脚本分析，比如配体的某个原子距离关键残基某个原子间距离大于多少，或者配体与蛋白最小距离超过某个值，就认为配体已经脱离了。

可以用gmx cluster做簇分析，获得配体在蛋白质口袋里位置最理想的那些帧

千山非雪

sobereva 发表于 2024-1-19 01:27
根据具体结构，自定义个标准写VMD tcl脚本分析，比如配体的某个原子距离关键残基某个原子间距离大于多少， ...

谢谢解答。我会认真看发布的规范的。