计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 994|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 同一体系如何选用多种方法基组计算单点能

[复制链接 Copy URL]

18

帖子

0

威望

335

eV
积分
353

Level 3 能力者

本帖最后由 冲冲冲 于 2024-2-23 09:49 编辑

计算有机小分子反应体系时选采用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法和6-311G(d,p)基组进行优化,并且使用DFT-D3(BJ)方法进行色散矫正。使用M06-2X-D3方法结合6-311++G(d, p)基组进行单点能的计算。审稿人给出如下意见:
Benchmark studies with different methods and the basissets were missing in the manuscript that will provide more strengthen tothe paper. Authors must perform singlepoint calculations withvarious DFT functionals with different basis sets and verify that the othermethods will be giving the same results or not.
请问各位老师,如果继续使用M06-2X-D3方法,基组换为def2TZVP进行单点能的计算来与之前结果对比可以嘛?或是说各位老师有更合适的泛函基组推荐吗

1万

帖子

0

威望

7400

eV
积分
18162

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-2-23 17:05:57 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/554的方法确定是否需要按审稿人说的做benchmark,还是说引用前人benchmark文章就够了;如果确实有必要自己做benchmark,仍然从这篇文章确定应该选用什么理论方法。
此外,如果有的精度很高的方法(如DLPNO-CCSD(T))能跑得动的话,可以用高精度方法算,这样只需要补算这一个理论级别就行了,因为已知它是准的
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2024-2-24 17:22:15 | 只看该作者 Only view this author
看了K. N. Houk的好几篇文章都喜欢做这种测试..

无标题.png (185.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

无标题.png

18

帖子

0

威望

335

eV
积分
353

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-25 16:09:48 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-24 17:22
看了K. N. Houk的好几篇文章都喜欢做这种测试..

请问在B3LYP-D3/6-311G(d,p)/SMD级别下优化结构后,选用什么方法和基组比较合适呢?目前只想到用M062X/def2-TZVP/SMD,但我的体系负电荷分子较多,这个基组好像还没办法加弥散。

18

帖子

0

威望

335

eV
积分
353

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-25 16:11:13 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-24 17:22
看了K. N. Houk的好几篇文章都喜欢做这种测试..

我查看到了类似文章,不过他们优化时选用的方法基组都比较便宜,单点计算可选的方法基组貌似更多些。

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2024-2-25 16:17:33 | 只看该作者 Only view this author
冲冲冲 发表于 2024-2-25 16:09
请问在B3LYP-D3/6-311G(d,p)/SMD级别下优化结构后,选用什么方法和基组比较合适呢?目前只想到用M062X/de ...

《给Ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》
http://sobereva.com/340

我觉得就按照Houk那样,固定基组测试几个不同的泛函,回复审稿人就可以了

18

帖子

0

威望

335

eV
积分
353

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-25 16:24:53 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-25 16:17
《给Ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》
http://sobereva.com/340

好的,谢谢!

15

帖子

0

威望

1128

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2024-2-26 11:56:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-23 17:05
按http://sobereva.com/554的方法确定是否需要按审稿人说的做benchmark,还是说引用前人benchmark文章就够 ...

您好,如果体系有点大,加T的算不动,但是DLPNO-CCSD能算得动,这样的结果能用吗

1万

帖子

0

威望

7400

eV
积分
18162

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2024-2-26 17:03:15 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxiaoni 发表于 2024-2-26 04:56
您好,如果体系有点大,加T的算不动,但是DLPNO-CCSD能算得动,这样的结果能用吗

个人建议从其他方面降低计算量(例如稍微降低基组、加LoosePNO关键词等),而不是不加(T)。
DLPNO-CCSD结果确实有一定参考价值,但是精度往往不如双杂化泛函,计算量又比双杂化泛函大,因此一般没有道理用

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
zhaoxiaoni + 5

查看全部评分 View all ratings

BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

15

帖子

0

威望

1128

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2024-2-26 19:48:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-26 17:03
个人建议从其他方面降低计算量(例如稍微降低基组、加LoosePNO关键词等),而不是不加(T)。
DLPNO-CCSD ...

谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 15:00 , Processed in 1.705058 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list