gromacs构建四面平整壁面模型利用pull命令时出现问题

姜酱将 · 发表于 Post on 2024-2-25 20:31:47

如图，我想固定左、右、下三个方向的石墨烯，对最上层施加力F，压缩中间的聚合物以形成四面平整的壁面结构，但是在进行pull时出现一运行就直接在运行界面卡住，请教一下造成这样的原因。附件中是我的mdp文件，请老师们看看是否存在一些问题。

GNMRZ · 发表于 Post on 2024-4-5 20:24:26

你可以尝试着在壁面处加一丢丢真空层，我就是遇到了这个问题，然后我加了一点点真空层，就可以正常运行了。

姜酱将 · 发表于 Post on 2024-5-6 10:13:24

GNMRZ 发表于 2024-4-5 20:24
你可以尝试着在壁面处加一丢丢真空层，我就是遇到了这个问题，然后我加了一点点真空层，就可以正常运行了。

我后面也是这么做的

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[GROMACS] gromacs构建四面平整壁面模型利用pull命令时出现问题