[GROMACS] 在npt和md中应该如何正确设置wall？

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发表于 Post on 2024-2-29 10:46:49 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 gaochangcheng 于 2024-2-29 10:46 编辑

请问在npt和md中设置wall的时候，看手册上写的“通常最好使用半各向同性的压力耦合，并将 x/y 压缩系数设置为 0，否则表面积会发生变化”那z方向的设置成正常的4.5e-5就可以了吗？按道理说，z方向上设墙了，Z方向肯定要变成不可压缩的，如果xy也不可压缩，那就变成nvt了，和npt就没关系了呀？以下是我的npt.mdp和md.mdp文件，请大佬帮我看看设置的对不对。

npt3.mdp (2.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

md.mdp (2.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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