windows运行gromacs其中topol文件没有molecualr types怎么解决

lsq139 · 发表于 Post on 2024-3-2 11:06:07

本帖最后由 lsq139 于 2024-3-2 11:13 编辑

windows运行这个代码后gmx pdb2gmx -f 6C1I.pdb -o 6C1I_processed.gro -p topol.top -ignh
topol文件内容显示不全，反而多出两个itp文件，这个问题该如何解决

这是一个双链的蛋白分子

小分子文件是用sobtop做的

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2024-3-2 16:50:54

仅从文件名来看没有问题，通常只有一条链的情况下只生成一个top文件，多条链的情况则是每条链分别单独写入一个itp文件中

lsq139 · 发表于 Post on 2024-3-3 12:04:58

谢谢，我把itp文件中的分子类型直接加到topol文件中的蛋白质链的类型之上可以运行了

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