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[GROMACS] 汽液界面,界面处离子的方向序分布函数制作

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本帖最后由 qiyan 于 2024-3-4 21:56 编辑

体系是ILs水混合物,做其界面的微观特性分析,在一些文章中看到了界面处离子或水分子方向序分布的分析。请问这是怎么样制作的呢?求大佬指点一下,可以有偿。
这是那篇文献Molecular Dynamics Studies on Liquid/Vapor Interface Properties and Structures of 1-Ethyl-3-methylimidazolium Dimethylphosphate-Water

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发表于 Post on 2024-3-5 02:47:32 | 只看该作者 Only view this author
如果文中没具体写明的话,这种非常专一性的轨迹分析大概率都是作者自己写分析脚本统计的。做MD的人不会写分析脚本寸步难行。
可以试图发邮件找作者要分析工具,作者不给就只能自己写,VMD tcl分析脚本很容易上手,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里面专门有一节深入详细讲VMD tcl脚本的编写。结合立体几何知识,编这种脚本没什么难的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 19:58:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-5 02:47
如果文中没具体写明的话,这种非常专一性的轨迹分析大概率都是作者自己写分析脚本统计的。做MD的人不会写分 ...

非常感谢sob老师的回复,请问在写VMD脚本时怎么定义界面的法向向量呢

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发表于 Post on 2024-3-7 03:05:43 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2024-3-6 19:58
非常感谢sob老师的回复,请问在写VMD脚本时怎么定义界面的法向向量呢

用界面上有代表性的一批原子通过最小二乘法拟合平面,法矢量同时就有了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-7 15:03:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qiyan 于 2024-3-7 15:52 编辑
sobereva 发表于 2024-3-7 03:05
用界面上有代表性的一批原子通过最小二乘法拟合平面,法矢量同时就有了

非常感谢老师回复,请问老师,VMD怎么样定义z轴(0,0,1)这个单位向量呢,
我选择了20到25唉米APM的N1原子这样的选择语句对吗:set select1 "resname APM and name N1 and z>20 and z<25“

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发表于 Post on 2024-3-7 16:37:38 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2024-3-7 15:03
非常感谢老师回复,请问老师,VMD怎么样定义z轴(0,0,1)这个单位向量呢,
我选择了20到25唉米APM的N1 ...

只有埃,没有埃米
选择语句写到representation的selected atoms里看一眼显示的图像便知
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