在有机物吸附在催化剂表面的真空区内需要加入多少水才能模拟水溶剂的效果

科研好难

各位老师好，我用CP2K在计算一个催化反应（反应物是含笨环有机物，催化剂是mgo，都是固体）在水溶剂中的反应机理，我了解到可以用GROMACS的insert-molecules把指定数量的水分子插入到盒子的真空区里，我在进行插入之前遇到几个不懂的问题，望各位老师帮我解答一下，非常感谢！
1、是先吸附，然后再在吸附结构上插入水分子还是在催化剂表面先插入水分子后再进行吸附？
2、无论是1中的哪一种情况，是不是都需要在得到最后催化剂、有机物和水的整体结构上进行结构优化？
3、我的吸附结构如下图所示，盒子尺寸是a=16.9217,b=26.9222,c=27.1261，大概需要加入多少个水分子才能模拟水溶剂？

sobereva

1 先物理吸附
2 是。可能还需要动力学
3 如果你不知道显式水怎么对反应进行影响，至少得把反应位点附近包满

科研好难

sobereva 发表于 2024-3-22 12:07
1 先物理吸附
2 是。可能还需要动力学
3 如果你不知道显式水怎么对反应进行影响，至少得把反应位点附近包 ...

好的，谢谢sob老师解答