运行由MRP.py生成的com文件进行高斯计算出现Not enough space in DoCrtU错误

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-29 16:13:37

本帖最后由 YuniJ 于 2024-3-29 16:17 编辑

如题所示，使用MRP.py共价修饰聚合物分子和蛋白酶（选择了残基序号为1的ASP残基），按照步骤python MRP.py -i 1hzy.in -s 1，程序生成了高斯的输入文件，手动更改了com文件中%Mem=600MW
%NProcShared=30，但是最后出错了” CoulSu: requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda. Not enough space in DoCrtC.
Error termination via Lnk1e in /personal/gaussian//g09/l401.exe at Fri Mar 29 15:42:03 2024.“附件为com文件、in文件和聚合物分子与蛋白酶N端的残基的mol2文件（即按照MRP.py的使用方式将聚合物分子和ASP残基整合成一个名为MOL的”残基“，替代蛋白酶中残基序号为1的ASP）

欢乐多 · 发表于 Post on 2024-3-30 06:43:57

%Mem=600MW 换成%Mem=1G试试
一般在linux系统运行，十来G才能跑得动

zjx-leslie · 发表于 Post on 2024-3-30 10:03:32

MRP把聚合物中所有的原子都识别成了ASP的修饰基团，导致生成的gaussian优化文件中含有1600多个原子。不晓得你的预期结构是否确实有1600多个原子。如果确实有这么多原子，那B3LYP/6-31G*这个级别应该需要海量的计算资源，可以尝试一下xtb或者半经验之类的看看。如果不是，建议再check一下MRP输入文件和自己的预期结构。

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-30 13:00:54

欢乐多发表于 2024-3-30 06:43
%Mem=600MW 换成%Mem=1G试试
一般在linux系统运行，十来G才能跑得动

好嘞！谢谢您，我试一下

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-30 13:02:00

zjx-leslie 发表于 2024-3-30 10:03
MRP把聚合物中所有的原子都识别成了ASP的修饰基团，导致生成的gaussian优化文件中含有1600多个原子。不晓得 ...

您好，因为聚合物一共有1500多个原子，我具体不太清楚哪个原子和氮端修饰，所以就把聚合物都放进去了

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-30 13:05:01

zjx-leslie 发表于 2024-3-30 10:03
MRP把聚合物中所有的原子都识别成了ASP的修饰基团，导致生成的gaussian优化文件中含有1600多个原子。不晓得 ...

您好，请问xtb或者半经验怎么用呢？是直接在com里修改吗？不好意思我是新手，不太懂这个

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