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[GROMACS] MD中什么物理量能够说明离子与溶剂化层中水分子的相互作用强度

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各位老师,目前我在研究离子的溶剂化结构。请问MD中什么物理量能够较为准确地定量说明离子与溶剂化层中水分子的相互作用强度?

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发表于 Post on 2024-3-30 16:32:22 | 只看该作者 Only view this author
算离子-水的rdf,折算成PMF曲线,得到解离自由能垒

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里模拟熔盐的例子的一页ppt:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-8 11:11:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-30 16:32
算离子-水的rdf,折算成PMF曲线,得到解离自由能垒

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www. ...

请问老师,这里有必要使用AIMD获得RDF曲线吗?还是用gmx跑MD获得RDF就行?谢谢老师的解答。

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发表于 Post on 2024-4-9 10:16:56 | 只看该作者 Only view this author
lucky1999 发表于 2024-4-8 11:11
请问老师,这里有必要使用AIMD获得RDF曲线吗?还是用gmx跑MD获得RDF就行?谢谢老师的解答。

看具体体系和模拟调节,如果相应情况有合适的GROMACS支持的形式的力场,肯定首选GROMACS,计算代价比跑AIMD低太多了,AIMD可能跑一个礼拜而gmx一个小时以内就跑完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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