求问铀酰水溶液的盒子的CP2K结构优化，每一步SCF迭代时间过长

陈雨涵 · 发表于 Post on 2024-4-9 11:02:47

本帖最后由陈雨涵于 2024-4-9 11:30 编辑

各位老师好，现在我在用cp2k进行一个铀酰水溶液的盒子的结构优化，这个结构不大，不到500个原子，肉眼观测也没什么大问题，但是每一步scf的时间非常长，大概6000+秒。
计算级别: (GTH-PBE GTH-PBE-q14)/ (DZVP-MOLOPT-SR-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q14). cp2k是POPT版本，单节点16核计算。
以下是输入文件，文件名短的是packoml 的inp文件，长的是cp2k的inp文件。最后那个是在服务器扒下来的out文件
谢谢各位老师

PREtransUO2H2O2Cl3andpH5andKCl1Mopt.inp (28.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

transUO2H2O2Cl3andpH5andKCl1M.pdb (36.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

transUO2H2O2Cl3.inp (978 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

PREtransUO2H2O2Cl3andpH5andKCl1Mopt.out (10.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 11:09:21

输入文件没上传

陈雨涵 · 发表于 Post on 2024-4-9 11:13:44

sobereva 发表于 2024-4-9 11:09
输入文件没上传

谢谢sob老师，已经上传了

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 11:18:25

绝对别用糟糕的PSOLVER ANALYTIC，绝对别用Multiwfn老掉牙的版本
当前体系怎么能当孤立体系算
把此文仔细看了了解点基本常识
CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子
http://sobereva.com/690（http://bbs.keinsci.com/thread-41087-1-1.html）

顺带一提，CP2K绝对绝对绝对不是能当黑箱用、而且能轻易侥幸用对的程序（哪怕有Multiwfn作为辅助创建输入文件），尤其是诸如杂化泛函计算这种门道很多的计算。一定要先系统性学学再用，比如通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），要不然太容易犯各种低级错误白浪费巨量时间了。Gaussian那种程序几乎是自动挡，一脚油就开起来了，CP2K这种手动挡的没专门学过相关知识根本开不走。

陈雨涵 · 发表于 Post on 2024-4-9 11:27:10

本帖最后由陈雨涵于 2024-4-9 11:31 编辑

sobereva 发表于 2024-4-9 11:18
绝对别用糟糕的PSOLVER ANALYTIC，绝对别用Multiwfn老掉牙的版本
当前体系怎么能当孤立体系算
把此文仔细 ...

对不起sob老师，刚才我传错了文件，我提交任务的时候，确实使用周期性体系算的，用的PSOLVER PERIODIC，但是还是6000+秒SCF迭代一步。我刚刚更新了out文件。谢谢sob老师

reid · 发表于 Post on 2024-4-9 23:20:47

陈雨涵发表于 2024-4-9 11:27
对不起sob老师，刚才我传错了文件，我提交任务的时候，确实使用周期性体系算的，用的PSOLVER PERIODIC， ...

个人感觉体系忒大，CPU才16（还不知道是物理核心还是超线程），CPU不行的话，体系小一点，建议边长15埃

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