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[Lammps] 想问一下纤维素模拟用lammps的话,力场文件怎么设置?

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通过cellulose-builder建立了纤维素的pdb文件,后续准备用lammps进行模拟,想问一下力场文件怎么设置?

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发表于 Post on 2024-4-14 03:05:25 | 只看该作者 Only view this author
若无特殊必要用lammps,用速度更快、对生物大分子体系更友好的GROMACS或AMBER是明显更好的选择。AMBER的leap可以直接产生基于glycam糖力场的拓扑文件,之后还可以用acpype/ParmED转成gromacs的格式用gromacs跑。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 09:51:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-14 03:05
若无特殊必要用lammps,用速度更快、对生物大分子体系更友好的GROMACS或AMBER是明显更好的选择。AMBER的lea ...

感谢老师回复,主要研究方向不是专业的纤维素模拟,是探究纤维素对甲烷水合物生成的作用,纤维素做多孔介质,之前用lammps跑过水合物,所以想用lammps进行模拟,请问老师有没有适合的力场推荐

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发表于 Post on 2024-4-19 05:13:10 | 只看该作者 Only view this author
1758924310 发表于 2024-4-18 09:51
感谢老师回复,主要研究方向不是专业的纤维素模拟,是探究纤维素对甲烷水合物生成的作用,纤维素做多孔介 ...

gromacs跑甲烷水合物没有任何问题

glycam
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-20 11:24:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-19 05:13
gromacs跑甲烷水合物没有任何问题

glycam

好的,谢谢老师

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