gromacs中用NVT系综模拟单组分在石墨烯壁面中密度分布时压力计算异常如何解决？

longhahaha · 发表于 Post on 2024-4-15 15:06:01

我设计了一个体系如下图，上下两盖板分别是三层石墨烯，每层间隔3.4埃，然后上下盖板中间间隔5nm，先在其中放入50个C4H10分子，利用NVT系综，运行10ns后，输出体系的压力，C4H10的密度，结果发现输出的压力太大了28497bar，(50个分子应该产生不了这么大的压力吧)，请问哪里出了问题。附上mdp文件，还有为啥两壁面吸附的密度分布不对称（见密度分布图），请大神们帮帮看看。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-16 04:16:08

用了freeze，讨论这时候的压力没什么意义

跑的时间不够长，不可能两边密度分布正好充分对称。可以令两边密度分布做平均化处理

longhahaha · 发表于 Post on 2024-4-16 09:30:37

sobereva 发表于 2024-4-16 04:16
用了freeze，讨论这时候的压力没什么意义

跑的时间不够长，不可能两边密度分布正好充分对称。可以令两边 ...

谢谢老师，那我是不是应该只关注组分的压力，组分压力有没有什么选项能够输出，还是看情况自行计算呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-17 04:02:21

longhahaha 发表于 2024-4-16 09:30
谢谢老师，那我是不是应该只关注组分的压力，组分压力有没有什么选项能够输出，还是看情况自行计算呢

没法直接输出

longhahaha · 发表于 Post on 2024-4-18 23:05:33

sobereva 发表于 2024-4-17 04:02
没法直接输出

感谢老师回复，我还有几点疑问

1.energy命令输出的压力这么大，是不是由于上下两壁面太过接近产生的斥力也算进去导致的？

2.能不能实现考虑去除壁面与壁面之间的作用力（更改作用势），只剩下分子间作用力和流体-壁面作用力能够输出正确的压力值

3.流体组分压力是不是可以看作体系分子打到壁上的力求和，还要计算分子间作用么，是不是可以利用GCMC的统计学方法计算（动能项和virial项）计算

可能有的说的不对，请老师批评指正。

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