使用VMD计算径向分布函数的问题

iamjjLin · 发表于 Post on 2024-4-19 11:37:19

各位老师好！
我使用cp2k计算了一个动力学体系，晶胞内一个客体分子，多个主体分子，之后我使用VMD计算这个体系的径向分布函数，想通过这个方法来量化空间位阻大小。但是我查到的资料大多说径向分布函数描述的对象是原子与原子之间。我想将中心设置成整个客体分子，对象设置成除客体分子外的C原子，请问这种设置是否正确？
我听说Gromacs能直接输出径向分布函数，请问cp2k有这种功能吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-20 08:47:54

CP2K没此功能，要么利用VMD计算，要么借用gmx rdf

rdf衡量这个过于抽象没有具体体系信息，特别是截图，没法告诉你怎么考察合理，没准aNCI或aIGM方法更适合
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
也很可能只用一帧结构，做IGMH分析就已经很适合
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

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