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[GROMACS] 有GROMACS关于RMSD的问题想请教下大家

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我做的是DNA适配体与有机小分子的分子动力学模拟,我从B站一位大佬那得知最小二乘法叠合DNA算小分子可以来表征结合的“稳定性”,那么是不是其RMSD能表现出来是否达到了平衡呢?但计算化学公社“谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡”一文中对于生物大分子是否达到平衡,描述是关注生物大分子部分的RMSD,但我不确定文中说的是对生物大分子自身进行分子动力学模拟,还是像我这种与有机小分子进行结合后的分子动力学模拟。所以不确定是用DNA叠合算配体,还是DNA叠合算DNA来表示模拟是否平衡?还有就是我计算了小分子,配体,复合物以及叠合DNA算小分子四次RMSD,但最后一个的波动很大,它的意义是什么?我的模拟从下图看是否平衡呢?不平衡还要跑多久呢?还有就是我的小分子是伏马毒素B1(FB1),PubChem上没有他的3D结构,原因是允许生成构象体,因为太灵活,太多未定义的立体中心”,所以我还怀疑FB1是柔性小分子。希望能得到解答谢谢!

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发表于 Post on 2024-4-19 14:32:47 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写[GROMACS]这种标签,给你改了,以后注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-19 15:02:00 | 只看该作者 Only view this author
RMSD曲线是基于轨迹算的,想了解RMSD为什么显著波动,显然必须直接观看轨迹,否则光靠凭空猜谁猜得准。直接播放动画弄不明白就在VMD里多帧叠加显示。

某些小分子和生物分子在结合状态下,前者的朝向、位置本身就可能反复变化,即便体系已平衡了也会如此,不能一味地以包含配体的RMSD曲线是否平衡作为判据。生物大分子部分对骨架进行叠合并考察骨架的RMSD可以用来判断生物大分子的构象是否达到平衡。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 16:26:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-19 14:32
不要自己在标题里手写[GROMACS]这种标签,给你改了,以后注意!

好的,以后注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 16:26:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-19 15:02
RMSD曲线是基于轨迹算的,想了解RMSD为什么显著波动,显然必须直接观看轨迹,否则光靠凭空猜谁猜得准。直接 ...

好的,谢谢大佬

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