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[GROMACS] 模拟100ns后生成的RMSD数据图在用trjconv指令矫正后波动仍较大,如何进一步收敛

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我使用gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1nojump.xtc -pbc nojump -ur compact指令对xtc文件进行周期性矫正,RMSD图像有所收敛,但是波动仍较大,想问一下大家还有没有办法让RMSD图像再继续做进一步的收敛?这是目前的RMSD图像

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发表于 Post on 2024-4-25 06:09:01 | 只看该作者 Only view this author
该什么样就是什么样,没法人为调整,要不然就成造假了。纯粹想让视觉上看起来波动更小的话,Y轴用更大上限。
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发表于 Post on 2024-5-7 20:49:14 | 只看该作者 Only view this author
我跟你遇到一样问题,我还跑了200ns,审稿人说不收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 17:41:11 | 只看该作者 Only view this author
胡枝子 发表于 2024-5-7 20:49
我跟你遇到一样问题,我还跑了200ns,审稿人说不收敛

波动程度应该有个限度吧,那怎么才算是收敛了呢,这个审稿人有没有说呢

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发表于 Post on 2024-5-9 17:12:22 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-5-8 17:41
波动程度应该有个限度吧,那怎么才算是收敛了呢,这个审稿人有没有说呢

我想收敛的意思应该指的是从非平衡态到一个平衡态,也就是RMSD基本维持在某个值附近;
他有说RMSD应该在0.1~0.2nm
我已经重新跑模拟了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-9 19:17:35 | 只看该作者 Only view this author
胡枝子 发表于 2024-5-9 17:12
我想收敛的意思应该指的是从非平衡态到一个平衡态,也就是RMSD基本维持在某个值附近;
他有说RMSD应该在 ...

好的,谢谢

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