新手求助为什么我结构优化后的结构显然不对，分子上被拆了个CO2下来

SJC0031

%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\ss.chk

%nprocshared=2

%mem=1400MB

# opt=loose freq b3lyp/6-31g

p

0 1

C                 -8.45321700   -6.01189800   -0.91574000

C                 -7.46981600   -6.15428300   -1.81703600

C                 -7.00566800   -5.07736400   -2.46859300

C                 -7.52523100   -3.86550800   -2.21820800

C                 -8.51209500   -3.70908500   -1.31725500

C                 -8.96767900   -4.79689200   -0.67027600

C                 -9.09595300   -2.34135900   -1.03090300

C                 -8.46912700   -1.71546000    0.22825600

C                 -9.12094900   -0.35546000    0.54657300

N                 -7.00959400   -1.60454800    0.09672000

O                 -9.97585800   -0.21357900    1.39532100

O                 -8.63646300    0.67518100   -0.21758400

Zn                -6.80117100    0.24506000   -0.41161800

O                 -5.98973700    0.60284900   -2.08647700

C                 -4.78372000    1.17303300   -1.76462900

O                 -3.78548100    1.05551600   -2.44398900

C                 -4.81819700    1.99715700   -0.46231000

N                 -5.55062100    1.30426400    0.60635900

C                 -5.40847500    3.39802400   -0.70657800

C                 -5.58018200    4.14441600    0.59947200

C                 -6.77724500    4.20050600    1.21131200

C                 -6.92630100    4.85120800    2.37544700

C                 -5.87395800    5.45807300    2.94457800

C                 -4.67497500    5.40898400    2.34479100

C                 -4.53279500    4.75519900    1.18142000

H                 -8.83742400   -6.89354200   -0.37577400

H                 -7.04413700   -7.15109800   -2.02005400

H                 -6.19563800   -5.18843700   -3.20886400

H                 -7.12945300   -2.98993100   -2.75925800

H                 -9.77352100   -4.69379800    0.07529200

H                 -8.95062200   -1.66948400   -1.90819200

H                -10.19978000   -2.43079000   -0.89696300

H                 -8.66749000   -2.38667600    1.09971100

H                 -6.52678300   -1.80156100    0.98941000

H                 -3.76263700    2.11377200   -0.11179800

H                 -6.02460500    1.97061300    1.23906600

H                 -4.74495500    3.97753600   -1.39047600

H                 -6.38882500    3.31833300   -1.23062600

H                 -7.65206400    3.70258100    0.76081700

H                 -7.91348500    4.88544000    2.86615800

H                 -5.99334600    5.99245000    3.90179000

H                 -3.80577400    5.90354700    2.80990900

H                 -3.54075400    4.71743900    0.70162900

这个是输入文件的代码。优化39步后结构显然不对（分子上被拆了个CO2下来）想问一下老师们，问题出在哪里了？

刚入门的小白，还请各位老师大佬们海涵。

sai77

基组不带极化函数的结果没法用
金属价态不对，Zn怎么可能成+4价？要么氨基上再加H，要么体系电荷为-2

SJC0031

sai77 发表于 2024-4-24 17:34
基组不带极化函数的结果没法用
金属价态不对，Zn怎么可能成+4价？要么氨基上再加H，要么体系电荷为-2

谢谢您的回复。我这个模型是两个苯丙氨酸中间络合一个锌离子，氨基酸的氨基和羧基与锌离子形成配位键。   我这就按您给的建议试一下！

imasen

你的氨基结构是错误的，-NH2被你画成-NH了。另外你确定在你实验的pH下氨基和羧基都是去质子化的么？水溶液中pH~9.3以上才会出现这种质子配置。

SJC0031

imasen 发表于 2024-4-25 15:24
你的氨基结构是错误的，-NH2被你画成-NH了。另外你确定在你实验的pH下氨基和羧基都是去质子化的么？水溶液 ...

谢谢您的回答。我改正一下！ 另外，实验是强碱性环境，ph大概在10左右。