大家好，我在用gromacs进行模拟时，出现如下问题，本人小白，求高人指点

zouguo

1. 主要目的：用gromacs对小分子金属配合物进行分子动力学研究，查看其聚集态堆积模式（盒子里只有这一种金属配合物的存在，也不添加溶剂分子）
2. 首先用高斯构建分子模型，在进行opt freq计算得分子基态最优构型，得到fchk文件，用gv6打开，再另存为mol2文件或pdb文件
3. 用sob老师的sobtop将mol2文件转化成跑gromacs要用的.top、.itp和.gro文件（打开sobtop，将mol2拖进去，分别输入1、1、0、4回车，在填入路径，回车，即可得到想要的文件s，不得不说Sob，YYDS呀），准备用以下代码，来完成模拟：

gmx editconf -f 3pt.gro -o 1_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic （没问题）

gmx grompp -f em.mdp -c 1_newbox.gro -p1.top -o em.tpr -maxwarn 1 （出错了）

gmx mdrun -v -deffnm em

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -ptopol.top -r 3pt.gro-o nvt.tpr -maxwarn 2

gmx mdrun -deffnm nvt

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt-p topol.top -r 3pt.gro-o npt.tpr -maxwarn 2

gmx mdrun -deffnm npt

gmx editconf -f npt.gro -o npt.pdb

4. 进入到上述文件所在文件夹，运行win10下Ubuntu子系统，给分子添加盒子：gmx editconf -f 1.gro -o 1_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
   这一步倒没什么问题，生成了1_newbox.gro文件，且能够用VMD打开，输入Pbc box，回车后能看到盒子


5. 将1_newbox.gro按照能量最小化参数em.mdp产生em.tpr文件，这一步出错，且产生了一个名为mdout.mdp的文件，详情如下：
zoug@DESKTOP-EOKETI3:/mnt/g/Desktop/mdp7$ gmx grompp -f em.mdp -c 1_newbox.gro -p 1.top -o em.tpr -maxwarn 1
              :-) GROMACS - gmx grompp, 2021.4-Ubuntu-2021.4-2 (-:

                            GROMACS is written by:
     Andrey Alekseenko              Emile Apol              Rossen Apostolov
         Paul Bauer           Herman J.C. Berendsen           Par Bjelkmar
       Christian Blau           Viacheslav Bolnykh             Kevin Boyd
     Aldert van Buuren           Rudi van Drunen             Anton Feenstra
    Gilles Gouaillardet             Alan Gray               Gerrit Groenhof
       Anca Hamuraru            Vincent Hindriksen          M. Eric Irrgang
      Aleksei Iupinov           Christoph Junghans             Joe Jordan
    Dimitrios Karkoulis            Peter Kasson                Jiri Kraus
      Carsten Kutzner              Per Larsson              Justin A. Lemkul
       Viveca Lindahl            Magnus Lundborg             Erik Marklund
        Pascal Merz             Pieter Meulenhoff            Teemu Murtola
        Szilard Pall               Sander Pronk              Roland Schulz
       Michael Shirts            Alexey Shvetsov             Alfons Sijbers
       Peter Tieleman              Jon Vincent              Teemu Virolainen
     Christian Wennberg            Maarten Wolf              Artem Zhmurov
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2019, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx grompp, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Executable:   /usr/bin/gmx
Data prefix:  /usr
Working dir:  /mnt/g/Desktop/mdp7
Command line:
  gmx grompp -f em.mdp -c 1_newbox.gro -p 1.top -o em.tpr -maxwarn 1

Ignoring obsolete mdp entry 'title'
Ignoring obsolete mdp entry 'ns_type'

NOTE 1 [file em.mdp]:
  With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10, with GPUs >= 20. Note
  that with the Verlet scheme, nstlist has no effect on the accuracy of
  your simulation.

Setting the LD random seed to 2096099290

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.cpp (line 298)

Fatal error:
Topology include file "G:\Desktop\mdp7\1.itp" not found

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
所有相关文件已上传，麻烦高人指点迷津，谢谢！
祝好
gromacs小白
20240502

sobereva

其它文字我没看，红字提示明显说明路径没弄对。这种基本问题凭提示解决

zouguo

sobereva 发表于 2024-5-2 23:22
其它文字我没看，红字提示明显说明路径没弄对。这种基本问题凭提示解决

谢谢sob老师！