sobEDA拟合c,a,r参数过程第50号结构报错，其他结构正常结束，会影响最后的参数结果？

Oliviaw

我正在拟合c,a,r参数，拟合计算正常在跑，只有一个50号结果报错，但是报错文件已经被后续其他结构的计算结果覆盖。我也查不到是什么原因报错。我有必要单独算第50号结构吗？

我在没有补第50号结构的计算结果的情况下成功算到第66个结构。然后，系统开始报错:S66_de.txt: line 1: 1: command not found…
S66_Eint.txt: line 1: -5.01: command not found…
我检查了S66batch.sh文件的关于S66_de和S66_Eint两处，我都是用的自己的文件路径加上文件名，而且这两个文件的权限也早就加了chmod +x，所以也不是权限的问题。
请问现在该怎么办？

sobereva

重算50号结构，弄清楚怎么回事

Oliviaw

sobereva 发表于 2024-5-2 23:05
重算50号结构，弄清楚怎么回事

我把50号结构的txt用dos2unix转换后，用sobEDA.sh单独跑第50号结构，是正常结束。（我用的方法和基组是sobEDA的example文件中用过的template.gjf，并采用对应的car参数）。
我然后把S66_xyz_frag文件夹下面的txt全部批量用dos2unix转换后（我在终端可以用dos2unix转换，但是如果我不自己手动转换，靠sobEDA.sh脚本运行是无法使用dos2unix命令），全部重新算66个结构，仍然是只有第50号结构报语法错误，50.out显示如下：
Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-12
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

fragment1.out没有跑出来。

现在还能怎么办呢？

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-5-4 12:59
我把50号结构的txt用dos2unix转换后，用sobEDA.sh单独跑第50号结构，是正常结束。（我用的方法和基组是so ...

显然需要根据Gaussian的常识检查fragment1.gjf和fragment1.out判断

Oliviaw

fragment1.out 报错是不收敛，如下：
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RPW6B95D3) =  -229.737189600     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.50D-06     -V/T= 2.0173
KE= 2.258369147225D+02 PE=-9.382697138766D+02 EE= 2.790492885750D+02
Convergence failure -- run terminated.

没有产生fragment2.gjf。

我是想测试pw6b95d3方法的c,a,r参数。

我在template.gjf里面降低收敛限到6就实现收敛。

Oliviaw

sobereva 发表于 2024-5-4 17:17
显然需要根据Gaussian的常识检查fragment1.gjf和fragment1.out判断

现在66个结构全部算出来能量分解的数据，但是下一步Fit c,a,r parameters for sobEDAw和Calculate difference between E_int calculated by this level and S66 (in S66a8 paper)，出错如下：
/EDA/parameter/S66_de.txt: line 1: 1: command not found
/EDA/parameter/S66_Eint.txt: line 1: -5.01: command not found

请问这可能是什么原因？

对应的命令行如下：
#Fit c,a,r parameters for sobEDAw
/root/S66fit /root/S66_de.txt data.txt > S66fit.txt

#Calculate difference between E_int calculated by this level and S66 (in S66a8 paper)
/sob/comparedata /root/S66_Eint.txt this_Eint.txt > compareEint.txt


我不知道为什么命令是路径/name.txt ？.txt不是命令啊？！

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-5-4 21:58
现在66个结构全部算出来能量分解的数据，但是下一步Fit c,a,r parameters for sobEDAw和Calculate differ ...

远程说不清楚，自行把shell脚本读明白并调试自然就解决了