求助：簇分析中，最具有代表性结构怎么提取

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-5-20 10:17:05

各位老师好，最近刚接触GROMACS，关于别人文章中“通过簇分析得到了NZ2TPA和NO2TPA的薄膜代表性结构” 提到的代表性结构有困惑，了解到“代表性结构” 是指簇中与其他所有结构的平均RMSD值最小的结构。知道可以利用命令“gmx cluster -f ../md.xtc -s ../md.tpr -cutoff 0.25 -b 500 -wcl 10 -method gromos -sz” 对聚合物的轨迹做分析，获得的文件有clusters.pdb[序号].pdb、cluster.log、clusters.pdb、clust-size.xvg、rmsd-clust.xpm以及rmsd-dist.xvg，但不知道怎么根据结果获得平均RMSD值最小的结构（也就是文章中说的最具有代表性的结构）。向各位老师求助。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-21 03:08:56

clusters.pdb里的就是

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-5-21 17:49:14

sobereva 发表于 2024-5-21 03:08
clusters.pdb里的就是

谢谢老师回复。
还想问一下，簇分析时的cutoff截断值有没有什么标准。我在自己体系中使用0.25后，clusters.pdb文件有300多帧，是不是对当前体系来说，这个值设置的太大了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-22 05:42:21

phosphorescence 发表于 2024-5-21 17:49
谢谢老师回复。
还想问一下，簇分析时的cutoff截断值有没有什么标准。我在自己体系中使用0.25后，cluste ...

反复尝试，直到选择一个对结构区分度足够高、簇的数目又不过多的值

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-5-23 10:46:17

sobereva 发表于 2024-5-22 05:42
反复尝试，直到选择一个对结构区分度足够高、簇的数目又不过多的值

感谢老师的耐心回复。
我是构建了单一的分子结构模型，模拟该聚合物体系发光过程。基于簇分析获得结构文件(clusters.pdb文件)后，想要进行下一步的QM/MM的计算。如果簇分析获得了20个有区别的结构，那么是需要将这20个结构都分别进行QM/MM计算，然后选择S0态能量结构最低的那组数据吗？或者，从簇分析的结果中挑选一个最合适的结构进行QM/MM计算就可以？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-24 04:45:20

phosphorescence 发表于 2024-5-23 10:46
感谢老师的耐心回复。
我是构建了单一的分子结构模型，模拟该聚合物体系发光过程。基于簇分析获得结构文 ...

算各个结构的基态的自由能，取自由能最低的那个计算之后的

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