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[GROMACS] gmx densmap制作的平面映射图该怎么修改?

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Level 5 (御坂)

老师您好,我用gmx densmap -f md.gro -s em.tpr -o densmap.xpm -n index.ndx -aver y -b 0 -e 0 -dmax 1500 -unit count得到xpm文件,然后使用http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html中的脚本得到了eps文件。得到二维密度分布映射图,如图1。希望得到类似文献中图2的效果。目前有几个问题没有得到解决:
1,图2中刻度0~3,应该是指截面模型中Al原子个数。gmx densmap -unit有3种格式:nm-3 nm-2 unit,我该怎么换算得到图2中的刻度呢?
2,我希望把图1修改成长方形,即把横坐标长度变窄,但不修改刻度。主要是为了与晶胞模型相同,该怎么实现呢?另外,可以修改颜色吗?

202405222027093013..png (185.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

图2

图2

202405222026458160..png (217.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

图1

图1

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