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[粗粒化/DPD] 关于使用IBI粗粒化的问题

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本帖最后由 社会主义小战士 于 2024-5-29 18:10 编辑

各位前辈好!

【AAMD力场设置】
[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule        gen-pairs        fudgeLJ        fudgeQQ
  1                2                yes                0.5        0.8333

【CGMD力场设置】
[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule        gen-pairs        fudgeLJ        fudgeQQ
  1                1                no                1.0        1.0


最近在用IBI做粗粒化,AAMD是用GROMACS在AMBER力场下做的。
我的疑问就是,AMBER力场的fudgeLJ和fudgeQQ这两个校正因子,在用IBI搞粗粒化的时候,这两个校正因子咋办?
我希望CGMD扩大研究的尺度,但同时能够和AAMD的结果对应上。

所以,是不是可以这样思考:

和实验(实际)对应的MD为AAMD,而AAMD与实验之间已有校正因子,
同时,
CGMD又是根据AAMD通过IBI方法做出来的,
所以,
在CGMD部分,校正因子实际上在AAMD时已经传递过来了,严谨点应该说这里不应该再“继续”进行校正,
所以CGMD部分的fudgeLJ和fudgeQQ这两个校正因子都为1.
除此以外还有个comb-rule的问题。
还望各位前辈指导一下!!!谢谢了!!!






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