为什么我的蛋白和配体进行动力学模拟后距离很远呢

ccixrs · 发表于 Post on 2024-6-4 10:48:08

本帖最后由 ccixrs 于 2024-6-4 10:51 编辑

是因为什么原因呢？请指教
是因为拓扑文件没处理好吗？
我是根据multiwfn和sobtop得到了小分子的拓扑文件
而且我发现和蛋白结构也是有关的
我用了两个蛋白模型进行模拟的，一个是之前用RoseTTAFold预测的蛋白模型，一个是从RSCB最近出来的蛋白复合结构里挖出来的单个蛋白结构进行补全的
预测的蛋白模型里md.gro文件虽然没在结合位点，但是距离也不远
挖出来的蛋白模型不管是能量最小化，还是NVT、NPT距离都很远
下面分别是我预测结构进行md后的gro文件以及挖出来的蛋白模型进行能量最小化后的gro文件（em.gro）

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-4 12:48:32

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

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