LigParGen与TPPmktop生成拓扑文件报错求解

艾尔斯灿

输入带有GAFF参数的pdb文件,想生成OPLS-AA参数的拓扑文件

在TPPmktop中选择.PDB文件后,显示如图:


在LigParGen选择.PDB文件,显示报错如图:


将.PDB文件转为.mol文件后,在LigParGen选择.mol文件,显示报错如图:


我看了一下教程,
TPPmktop似乎要排队,我不清楚应该在Calculation is processing at the server.页面等待自动跳转,刷新页面还是重新提交
而LigParGen中选择pdb文件可能会报错,选mol文件又不能理解报错的提示,我的pdb文件应该是没问题的啊

slxc920113

先检查你的pdb文件格式是否标准，如果确定标准，再检查结构是否合理，用可视化软件打开查看是否存在不合理的成键关系，最后检查是否存在opls-AA力场本身就不支持的元素或官能团。如果确定没有问题，而这两个软件因为别的原因用不了，可以试试AuToFF。