研究水分子在zif-8 MOF 材料中的扩散速率该如何用gromacs建模？

jiahui

请问老师们我该如何建立以下模型？



目的：研究水分子在zif-8 MOF 材料中的扩散速率
研究思路：通过推动石墨烯看水分子的透过率
遇到的困难：建立石墨烯，MOF ，并在盒子单侧添加水分子的模型不知从哪里下手

问题：我该如何建模，用哪些软件，如何设置mdp 文件？
恳求老师们能具体告诉我建模步骤或者给我个您做过发表过的的DEMO让我琢磨琢磨，谢谢老师们！！！学生刚入手课题，举步维艰

sobereva

石墨烯结构用VMD就能产生
MOF直接用晶体结构，结合gview或者Multiwfn恰当扩胞到合适的大小
水用packmol在指定区域加。或者gmx solvate在体系真空区加水后，如果发现有的出现在了不该出现的位置，再用VMD的选择语句在保存新结构时去掉

mdp几句话说不清楚，通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）完整系统学一遍后自然知道该怎么设，以上建模问题在培训里也都体现了。