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[GROMACS] 求助gromacs计算相互作用能得到的能量项的问题

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楼主
各位老师,同学们好,我想在gromacs中计算相互作用能,我在md.mdp中定义了两个能量组为SINF和DMSO。在rerun之后,提取了这四项能量:Coul-SR、LJ-SR、Coul-14、LJ-14。这四项能量均有具体的数值。想问的问题是1-4作用只存在于分子内,分子之间的1-4项应该为0啊。为啥我提取出来的1-4项不为0啊。以下是我提取能量值。希望各位大佬予以解答。感谢感谢。


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发表于 Post on 2024-6-28 05:25:10 | 只看该作者 Only view this author
要么当前版本有bug,要么两个组的定义牵扯到的原子有重叠
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 07:27:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-28 05:25
要么当前版本有bug,要么两个组的定义牵扯到的原子有重叠

谢谢老师指点 明白了

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