配体参数报错，求指正

mskk · 发表于 Post on 2024-6-28 10:48:28

使用parmchk2检查输入分子构型中GAFF的缺失参数, 并生成相应的补充参数文件X.frcmod时出现报错，如下：
parmchk2 -i 2mxu_1.mol2 -f mol2 -o ligand_pre.frcmod
Atom type of C.2 does not exist in PARMCHK.DAT

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-6-28 13:57:14

你这就一个硼原子而已，不用搞这么麻烦，直接用sobtop处理mol2文件就行，选项里面选有GAFF的用GAFF，没有GAFF的用UFF。

mskk · 发表于 Post on 2024-6-29 15:23:45

低调的板凳发表于 2024-6-28 13:57
你这就一个硼原子而已，不用搞这么麻烦，直接用sobtop处理mol2文件就行，选项里面选有GAFF的用GAFF，没有GA ...

谢谢大佬因为我也是gromacs初学者是想把这个配体ESP转成RESR但是amber有B原子不能转，是用这个sobtop就可以吗

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-1 09:49:01

mskk 发表于 2024-6-29 15:23
谢谢大佬因为我也是gromacs初学者是想把这个配体ESP转成RESR但是amber有B原子不能转，是用这个sobtop ...

如果是想算RESP电荷，再处理配体的话，你翻翻社长的文章，本版置顶的位置，有用Multiwfn加高斯或者orca肌酸RESP的脚本，然后出来的结果可以用sobtop处理成gromacs的文件。

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