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[GROMACS] 计算蛋白配体复合物的Rg值在输入gmx gyrate指令后该如何选择计算类型?

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楼主
想问一下如若计算蛋白配体复合物的Rg值,在输入gmx gyrate指令后,该如何选择计算类型,是选择"Protein"吗?

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发表于 Post on 2024-6-30 01:06:08 | 只看该作者 Only view this author
显然这只会计算蛋白质部分
把蛋白质和配体合并成一个索引组,再选它才是对复合物算的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 10:48:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-30 01:06
显然这只会计算蛋白质部分
把蛋白质和配体合并成一个索引组,再选它才是对复合物算的

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 10:59:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 12313 于 2024-6-30 11:05 编辑
sobereva 发表于 2024-6-30 01:06
显然这只会计算蛋白质部分
把蛋白质和配体合并成一个索引组,再选它才是对复合物算的

老师,如果是这样的话,那在输入gmx gyrate指令时,是不是需要加上-n index 这个选项?但是我在模拟之前已经通过gmx make_ndx指令建立了索引组,并在之后的nvt、npt预平衡及模拟运行过程通过-n index选项进行了引入,这样如果要通过gmx gyrate计算复合物,也需要-n index这个选项吗?

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发表于 Post on 2024-7-2 19:41:49 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-6-30 10:59
老师,如果是这样的话,那在输入gmx gyrate指令时,是不是需要加上-n index 这个选项?但是我在模拟之前 ...

但凡你要选的组不是gromacs默认就有的组,一律得这么提供索引文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-2 20:22:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-2 19:41
但凡你要选的组不是gromacs默认就有的组,一律得这么提供索引文件

好的,谢谢sob老师

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