求教MMPBSA是否适用于非纯水体系

azero · 发表于 Post on 2024-7-1 21:13:06

本帖最后由 azero 于 2024-7-2 19:31 编辑

对MMPBSA能应用于哪些体系还不十分了解，请教MMPBSA是否可以应用于以下体系？
①不同浓度氯化钠溶液中，底物与蛋白质结合自由能的比较
②不同盐（Na、K、Ca、Mg等离子）溶液中，底物与蛋白质结合自由能的比较
③不同浓度乙醇溶液中，底物与蛋白质结合自由能的比较

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-2 14:34:27

PB是隐式溶剂模型，不同的溶剂都可以做，水溶液盐体系的话，输入离子强度和介电常数就行，无离子的非水体系只需要改介电常数即可。
PB方法无法考虑溶剂分子或离子与蛋白配体的作用，所以对于高价离子体系(2+离子常与蛋白有结合），或者是乙醇这种实际可能与蛋白结合的体系，往往准确性较低。

azero · 发表于 Post on 2024-7-2 19:34:26

本帖最后由 azero 于 2024-7-2 20:06 编辑

低调的板凳发表于 2024-7-2 14:34
PB是隐式溶剂模型，不同的溶剂都可以做，水溶液盐体系的话，输入离子强度和介电常数就行，无离子的非水体系 ...

读得不是很懂，是①可以做，②③能但准确度较低的意思么。那有没有别的计算结合方法不复杂的方法

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-3 10:48:55

azero 发表于 2024-7-2 19:34
读得不是很懂，是①可以做，②③能但准确度较低的意思么。那有没有别的计算结合方法不复杂的方法

2，3的条件，在现实中，经常会导致蛋白质变性，所以模拟考察底物和蛋白结合自由能的意义会很低。

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[综合交流] 求教MMPBSA是否适用于非纯水体系