vmd能否统计轨迹中成键数目随着时间的变化？

1367 · 发表于 Post on 2024-7-2 17:11:35

vmd能否统计轨迹中成键数目随着时间的变化？我做的是一个热解的工作，想分析一下热解之后，想通过vmd分析体系内的键数目是否会不断减少。

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-2 19:58:01

自己写VMD tcl脚本就行了，循环每一帧，参考下面北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的做法计算键数。记得每一帧需要重新判断成键关系，参考《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》（http://sobereva.com/534）

1367 · 发表于 Post on 2024-7-2 21:31:34

sobereva 发表于 2024-7-2 19:58
自己写VMD tcl脚本就行了，循环每一帧，参考下面北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.c ...

老师，您好，我尝试看着论坛中的帖子写了一个脚本，但是算出来的还是某一帧的数据，可能是我脚本，没有设置循环的原因，还请老师帮忙更正一下，第一次写脚本，还请老师多多指教，多谢

set sel [atomselect top all]
for {set i 0} {$i<300} {incr i} {
$sel frame $i
$sel update
puts "Frame: $i numbonds: [expr ([join [[atomselect top all] get numbonds] +])/2]"
}

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1367 · 发表于 Post on 2024-7-2 21:34:37

sobereva 发表于 2024-7-2 19:58
自己写VMD tcl脚本就行了，循环每一帧，参考下面北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.c ...

sob老师，您好，我尝试着按照论坛的一些资料写了一个tcl脚本，但是发现算出来的某一帧都是当前帧的数据，可能是我没有设置循环的原因，但是我实在是不太会，希望老师可以更正一下，多谢

set sel [atomselect top all]
for {set i 0} {$i<300} {incr i} {
$sel frame $i
$sel update
puts "Frame: $i numbonds: [expr ([join [[atomselect top all] get numbonds] +])/2]"
}

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