模拟碳纳米管分离水中的离子的径向分布函数求助

xiaoyang20 · 发表于 Post on 2024-7-28 09:24:16

想请教各位老师，模拟碳纳米管分离水中的离子，通过VMD计算离子的RDF，由于体系有一块真空区域，原子始终不会到达。因此计算出来的RDF最终不收敛于1.
问题1：根据rdf的计算公式，

，由于我有真空导致V增大，使得RDF最终

不收敛于1是真空的原因吗?
问题2：根据VMD输出的结果，我用（V总-V真）/V总去乘以VMD中RDF输出的数据是不是就是真正的RDF?

谢谢各位大佬

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-7-29 11:05:31

显然是因为软件根据晶胞参数计算的体积不是你的纳米管真实的可以运动的自由体积，换句话说就是平局密度不对。按照公式的定义，你直接对RDF乘一个系数就可以了。

xiaoyang20 · 发表于 Post on 2024-7-29 12:28:05

slxc920113 发表于 2024-7-29 11:05
显然是因为软件根据晶胞参数计算的体积不是你的纳米管真实的可以运动的自由体积，换句话说就是平局密度不对 ...

谢谢大佬的回答，我明白了

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