gmx distance统计离子间距离使用求助

MINGYU97 · 发表于 Post on 2024-7-31 14:55:27

各位老师好，我在使用gmx distance 统计离子间距离时遇到了下面的错误：
Inconsistency in user input:
The number of positions to be merged are not compatible

同样的命令在另一个体系的文件夹中却可以使用，想请教一下大家

MINGYU97 · 发表于 Post on 2024-7-31 15:07:52

刚刚尝试了发现是因为这个体系的锌离子和氯离子数目不一样。
那请问各位老师可以使用gmx distance来统计比如体系中某两类离子的平均距离吗，rdf图不是特别明显

chuanghao · 发表于 Post on 2024-7-31 16:57:50

MINGYU97 发表于 2024-7-31 15:07
刚刚尝试了发现是因为这个体系的锌离子和氯离子数目不一样。
那请问各位老师可以使用gmx distance来统计比 ...

对于这个目的，可以用gmx pairdist实现

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