用GROMACS处理cp2k产生的pdb格式的轨迹文件的问题

ZQing · 发表于 Post on 2024-8-29 15:59:46

是这样的，cp2k产生的pdb轨迹文件里面格式是这样的
体系是一共有308个原子，共30000步
但是用GROMACS做分析遇到了一些问题,我先用trjconv命令把pdb的轨迹文件转化成xtc格式，但是用这个xtc文件的时候它总是提示体系中有九万多个原子，相当于它似乎是把pdb轨迹文件里的每一个原子从头到尾排序了一遍，这样的话做一些分析（比如说键角、键距随时间的变化）的时候，得到的结果就不是正确的，像下图
所以我想知道这种情况怎么办，有没有能够正确的将pdb轨迹文件转化为可供GROMACS分析的xtc/trr文件的方法

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-30 07:57:38

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “用GROMACS处理pdb格式的轨迹文件” 改了，以后务必注意

用VMD载入轨迹后保存成trr就完了

ZQing · 发表于 Post on 2024-8-30 14:37:44

sobereva 发表于 2024-8-30 07:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师

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