新人求助关于晶体中截取片段几何优化后出现一个虚频的解决办法

chenwujia

各位老师好，我的初始晶体结构如图所示，是两根链接并且平行排列的磷链（单质磷），我从中截取了部分片段进行高斯的结构优化。
第一次我没有设置对称性，分子以C1点群进行优化，最终结果收敛了且没有虚频，但是两根平行排布的磷链却扭转了一定角度，发生了畸变。我的结构优化标签是“#p opt=recalc=5 freq pbepbe/6-31g(d)”
第二次我设置了Ci对称性（初始晶体本身只具有反演对称性），并关闭了recalc=5标签（因为我尝试过如果加上这个标签，对称性不能保持会回归到第一次的结果），最终结果也收敛了且保持很好的双管平行性，但是存在一个-10 cm-1的小虚频。
想问一下如何在第二种优化下消除那个小虚频呢，我尝试过微调优化后的结果再优化，没有起到作用。
Note：通过gaussview的振动我关注到这个虚频来自于两根平行链的振动，我推测是由于中间桥联只有两个磷原子导致结构的不稳定，而在晶体周期性体系下可能就不存在这种问题？

sobereva

完全不知道你的实际目的是什么
大概率根本就不该用Gaussian来算，而应当用CP2K等当成周期性体系来算
而且毫无理由用描述分子间相互作用颇烂的PBE，至少也应该用B3LYP-D3(BJ)。仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
牵扯到分子间相互作用而且体系又小，起码应该用6-311G*或def-TZVP优化

chenwujia

sobereva 发表于 2024-9-11 12:28
完全不知道你的实际目的是什么
大概率根本就不该用Gaussian来算，而应当用CP2K等当成周期性体系来算
而且 ...

sob老师您好！
非常感谢您的回复！
我是想通过截取初始晶体中的若干可能得中间体片段，给出潜在的晶体生长过程中的中间结构与能量变化。
在我的体系里面，由于中间体片段是孤立的，不太适用于周期性的计算软件。（此前我有想过在三个方向上加真空层再用cp2k去计算，但感觉孤立体系还是高斯合适一点）
由于我这个是从晶体中截取的孤立片段，在边界不饱和磷原子处我是加氢去饱和。此前我试过加DFT-D3校正，但是由于氢键作用会导致结构扭曲。