cgenff处理配体时报错

一条空空的河 · 发表于 Post on 2024-9-11 10:27:45

使用cgenff在线进行中药小分子配体处理时，提示“attype warning: carbon radical, carbocation or carbanion (C3) not supported;skipped molecule.”，应当如何解决呢？
报错内容如图，配体文件已上传

tbm1_fix.mol2 (7.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-11 10:59:16

加氢看来没加对哦，要补齐所有氢原子，包括non-polar hydrogens才放上去。
如果加氢了还有问题就检查mol2相关的bond type，有时自动生成的mol2处理芳香环会出错。

一条空空的河 · 发表于 Post on 2024-9-11 11:15:10

student0618 发表于 2024-9-11 10:59
加氢看来没加对哦，要补齐所有氢原子，包括non-polar hydrogens才放上去。
如果加氢了还有问题就检查mol2 ...

谢谢！！我试一下！！感谢大佬！！

一条空空的河 · 发表于 Post on 2024-9-11 12:04:42

student0618 发表于 2024-9-11 10:59
加氢看来没加对哦，要补齐所有氢原子，包括non-polar hydrogens才放上去。
如果加氢了还有问题就检查mol2 ...

您好，我刚刚又试了一下，加氢（包括nonpolar）是完成的（表现在pymol中d可以删除nonpolar），请问芳香环怎么检查？谢谢您！

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-11 12:26:50

1. 你确定那些碳都没氢？按化学常识检查，别只靠软体。pymol的话add H 一下再仔细检查质子化是否正确。
2. 如果真的补完了所有原子还是出错，用文字编辑器打开mol2检查bond部分。芳香环bond type出问题只是常见例子，刚打开你的文件看没有芳香环。

一条空空的河 · 发表于 Post on 2024-9-12 18:27:05

student0618 发表于 2024-9-11 12:26
1. 你确定那些碳都没氢？按化学常识检查，别只靠软体。pymol的话add H 一下再仔细检查质子化是否正确。
2. ...

谢谢您！解决了！我在pdbqt提取的指定构象mol2文件又加了氢，现在可以cgenff处理了

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