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[Multiwfn使用咨询] 分子间轨道重叠与重叠积分

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Sob老师,我想做两分子间轨道重叠方面的分析,通过看multiwfn手册和您的一篇博文sobereva.com/163,我收获很多。这里我还有几个不确定的问题,希望得到您的指点。博文中:“目前MOvalue.cub中只含DB-TTF1的坐标信息,在可视化时将看不到DB-TTF2的结构而不便于分析。为了解决这个问题,用文本编辑器打开MOvalue.cub和userfunc.cub,将后者的原子坐标段落(第7行到科学计数法记录的数据之间的部分)复制到前者的相应段落去。并且把前者的原子数信息,即第三行第一个数值从26改成52,之后保存。”
我想请问:1.“将后者的原子坐标段落(第7行到科学计数法记录的数据之间的部分)复制到前者的相应段落去。” 意思是用后者的原子坐标将前者的坐标覆盖掉吗?
2.分子间轨道重叠积分的正负和积分值得绝对值大小,分别说明什么意义?

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发表于 Post on 2016-12-31 16:13:48 | 只看该作者 Only view this author
不是覆盖,是在后面额外加上。这样两个片段的坐标都在.cub文件里出现,你直接载入cub文件时就能同时看到两个片段的结构
代表片段轨道间以正相位和逆相位重叠。但正负一般不需要管,因为实际用到重叠值的场合往往是要放在绝对值符号里或者取平方,相位无所谓,关心大小就完了。大小体现重叠程度。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-1 14:07:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-31 16:13
不是覆盖,是在后面额外加上。这样两个片段的坐标都在.cub文件里出现,你直接载入cub文件时就能同时看到两 ...

老师,按照博文中的操作顺序,对于后者userfunc.cub文件中坐标部分是二聚体的坐标,前者MOvalue.cub文件中的坐标部分是DB-TTF1单体的坐标信息。所以若是在后面额外加上的话,则MOvalue.cub文件中就是三个片段的坐标信息了,这个肯定不对。请老师再次指正!

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发表于 Post on 2017-1-1 16:36:29 | 只看该作者 Only view this author
jobs2016 发表于 2017-1-1 14:07
老师,按照博文中的操作顺序,对于后者userfunc.cub文件中坐标部分是二聚体的坐标,前者MOvalue.cub文件 ...

博文内容我记错了,是覆盖过去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-1 21:39:29 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,Sob老师的耐心指导!

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发表于 Post on 2017-1-3 20:56:04 | 只看该作者 Only view this author
我想问下,
这个轨道重叠图怎么导出来到VMD中,是不是也像multiwfn做NBO一样,得到的cub文件到如到vmd中。

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发表于 Post on 2017-1-3 22:15:46 | 只看该作者 Only view this author
teller3531 发表于 2017-1-3 20:56
我想问下,
这个轨道重叠图怎么导出来到VMD中,是不是也像multiwfn做NBO一样,得到的cub文件到如到vmd中。

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发表于 Post on 2022-7-19 23:19:59 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下,计算得到的轨道重叠积分有一个正值、一个负值和一个总体数值,那我们一般是看这个正值吗?正值越大,代表相位相同的轨道重叠越大,是否可以辅助说明两个分子更容易反应?还是看总体数值再取绝对值或者平方?计算得到的重叠积分的单位也是au.吗

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发表于 Post on 2022-7-26 06:35:11 | 只看该作者 Only view this author
yinlina 发表于 2022-7-19 23:19
我想问一下,计算得到的轨道重叠积分有一个正值、一个负值和一个总体数值,那我们一般是看这个正值吗?正值 ...

“更容易反应”需要结合具体前提条件来说
看什么取决于具体目的
不用写单位
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