Molclus调用xtb筛出一批构象，将它们放入高斯中先算单点能和先算几何优化性质一样吗？

阿西西 · 发表于 Post on 2024-9-16 18:11:46

Molclus调用xtb几何优化后筛选得到了能量最低的前50种结构，接着把它们放入高斯进行计算：
情况①直接使用高精度计算方法计算单点能，再将它们排序；
情况②先使用低精度的计算方法进行几何优化，再用高精度的方法去算单点能，排序
问：这两种情况下得到的构象结果不一样，请问我应该使用哪个情况下得到的结果？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-16 18:16:34

倘若低精度比xtb里用的级别准，当然先做一次优化有好处

阿西西 · 发表于 Post on 2024-9-18 15:25:30

sobereva 发表于 2024-9-16 18:16
倘若低精度比xtb里用的级别准，当然先做一次优化有好处

xtb用的GNF2-XTB方法，Gaussian低精度用的b3lyp-D3(BJ)/def2-svp

阿西西 · 发表于 Post on 2024-9-23 16:54:47

sobereva 发表于 2024-9-16 18:16
倘若低精度比xtb里用的级别准，当然先做一次优化有好处

Sob老师我还有一个问题：我在Gaussian中先进行几何优化，再进行高精度单点能的计算，但是我发现进行自由能热校正后得到的能量与未校正得到的能量在排序后构型不一致，那么我是选择哪一种结果？
①低精度几何优化得到的自由能自校正值+高精度的单点能
②高精度的单点能
@sobereva

感谢您

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-24 01:48:56

阿西西发表于 2024-9-23 16:54
Sob老师我还有一个问题：我在Gaussian中先进行几何优化，再进行高精度单点能的计算，但是我发现进行自由 ...

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另外，存在这种情况可能说明能量最低的两个或多个结构的自由能其实相差不大，算一些问题时该考虑构型权重时必须考虑，不要只考虑自由能最低那个

阿西西 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:19:36

sobereva 发表于 2024-9-24 01:48
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另外，存在这种情况可能说明能量最低的两个或多个结构的自由能其实相差不大，算一些问题时该考虑构 ...

方法1计算出来的能量最低的两个结构的能量确实很接近，大约相差0.001 hartree，能量最低的构型权重也最大。能量虽相差小，但两个结构的构型不一样了，二者互为对映异构体，且能量第二低的构型符合文献结构，请问Sob老师，这种情况应该怎么权衡呀？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-25 00:39:50

阿西西发表于 2024-9-24 09:19
方法1计算出来的能量最低的两个结构的能量确实很接近，大约相差0.001 hartree，能量最低的构型权重也最大 ...

搞清楚和文献有无可比性、你靠谱还是文献靠谱。没具体细节这种提问没意义
另外，两种不同对映异构体之间相差的不是构象不同的关系，构象搜索旋转化学键不会导致这种差异

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