求助：小分子拓扑文件参数被审稿人质疑

whitemouse · 发表于 Post on 2024-9-18 14:13:10

本帖最后由 whitemouse 于 2024-9-18 14:13 编辑

各位老师好，最近我在做一个蛋白质-小分子相互作用相关的模拟，文章投出去后审稿人有一条回复意见说：For instance, it has already been shown by Trout and co-workers that using standard forcefields for arginine does not reproduce the correct protein-arginine preferential interactions.意在指出我是用的精氨酸力场参数需要单独被优化。我查阅了审稿人提到的这篇文章，文章里是通过实验测量的优先相互作用系数和计算得到的优先相互作用系数进行比较，并以实验为基础对小分子中各原子LJ势的σ和ε进行同比例调整，具体操作可见下图。
但是审稿人使用的是CHARMM36m下未经修改的精氨酸拓扑文件，我在文章里使用的方法是通过M062x/def2TZVP计算RESP2电荷，力常数则是先计算的Hessian矩阵，用sobtop根据DRIH方法生成。请问这种方法还需要像审稿人说的那样再去单独针对每个蛋白质来拟合小分子的力常数吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-18 16:39:42

首先精氨酸的参数就根本不应该基于Hessian来算，sobtop主页上已经强调得没法更清楚了http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
精氨酸的参数直接用标准、较新蛋白质力场的，诸如AMBER14SB、CHARMM36m，起码比你自己搞的强。如果有文章指出确实存在问题，若那篇文章给了解决办法、改进的参数，就自己编辑参数文件来使用

whitemouse · 发表于 Post on 2024-9-18 17:50:34

sobereva 发表于 2024-9-18 16:39
首先精氨酸的参数就根本不应该基于Hessian来算，sobtop主页上已经强调得没法更清楚了http://sobereva.com/s ...

好的，谢谢sob老师！

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