分子间相互作用

小菜鸟求关照 · 发表于 Post on 2014-12-19 10:27:27

我想比较两个体系的结合能，例如我想比较A与B的结合能、C与B的结合能这两个结合能的大小，那么因为我在构建初始结构的时候可能因为人为因素构建的结构不一样，比如二者之间的距离不一样，是不是会导致最后计算的结合能不一样，从而导致误差呢？如果是的话，怎么解决呢？

ChaosChiao · 发表于 Post on 2014-12-19 11:25:10

长程动力学模拟会自动的修正这些初始的不合理因素。因此我们才在模拟中选取平衡的阶段作为分析对象。如果计算结合自由能，最好也要观察能量的波动情况，选取合理的区间作分析。

小菜鸟求关照 · 发表于 Post on 2014-12-19 16:05:41

ChaosChiao 发表于 2014-12-19 11:25
长程动力学模拟会自动的修正这些初始的不合理因素。因此我们才在模拟中选取平衡的阶段作为分析对象。如果计 ...

嗯呢，在计算分子间相互作用时，可以先用cc-pvtz优化结构计算频率，然后用aug-cc-pvtz计算bsse，可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2014-12-19 19:19:24

由于要经过优化，所以初始结构有一定随意性无所谓，优化之后就自然合理了。只不过，大点的体系势能面极小点多，需要考虑各种结合方式。通常可以做分子动力学来产生各种初始构型。

涉及到弱相互作用，优化的时候应至少带上最低程度的弥散函数。比如你要用aug-cc-pVTZ最后算能量，就至少用may-cc-pVTZ来优化（这是月份基组，见《谈谈弥散函数和“月份”基组》http://sobereva.com/119）。或者，宁可用aug-cc-pVDZ来优化也别用cc-pVTZ优化。

小菜鸟求关照 · 发表于 Post on 2014-12-19 20:56:35

sobereva 发表于 2014-12-19 19:19
由于要经过优化，所以初始结构有一定随意性无所谓，优化之后就自然合理了。只不过，大点的体系势能面极小点 ...

嗯明白了

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[综合交流] 分子间相互作用

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