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[新手求助] gaussian如何计算吉布斯自由能变化?

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     做两个分子的吸附作用,结构通过b3lyp/6-31g*优化好了,但没有找到自由能的变化?如何找出吸附前后吉布斯自由能的变化?还是进行能量专门计算?谢谢!

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发表于 Post on 2014-12-19 19:11:24 | 只看该作者 Only view this author
对吸附前后的体系分别做freq,输出文件里就有自由能值,二者求差即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-19 20:02:10 | 只看该作者 Only view this author
好,谢谢,sob那里有高斯超算吗?我这里计算太慢了,250个原子左右,b3lyp/6-31机组,要算一周。如果有,如何有偿服务?结构优化好了,自由能当时木有加,还要算次频率,把自由能算出来,都崩溃了。

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发表于 Post on 2014-12-19 20:41:25 | 只看该作者 Only view this author
你当前的计算条件是什么?什么CPU,分配了多少核?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-19 21:46:59 | 只看该作者 Only view this author
32核心,AMD CPU.  双路。内存用了55g进行计算,总内存64g。还有提升空间吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-19 21:55:06 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
32核心同时使用。

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发表于 Post on 2014-12-19 22:00:40 | 只看该作者 Only view this author
超算也没办法,你的核数够多的了(虽说AMD的效率很低),高斯本身并行效率就不好,核数再多了也无济于事。
可以考虑在PM7半经验方法下算热力学校正量,再加到DFT的电子能量上
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-19 22:07:25 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,那就只有慢慢算了。下次配置至强处理器,吸取教训。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-23 19:31:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-19 22:00
超算也没办法,你的核数够多的了(虽说AMD的效率很低),高斯本身并行效率就不好,核数再多了也无济于事。
...

Sob,请问PM7半经验,再加DFT的电子能量,计算方法在文件里如何写?是不是应该比b3ly/6-31g理论更快些呢?是不是G09所有版本都支持这种算法?
谢谢!

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发表于 Post on 2014-12-23 23:27:14 | 只看该作者 Only view this author
MOPAC2012才支持PM7,G09里用PM6也行,直接写PM6关键词即可。
需要写两个输入文件,一个PM6 freq,一个DFT单点。
半经验的耗时比DFT低两个数量级左右
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-23 23:36:36 | 只看该作者 Only view this author
那么高斯运行输入命令时,是运行freq,还是运行DFT单点能文件呢?

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发表于 Post on 2014-12-24 00:06:31 | 只看该作者 Only view this author
需要两个输入文件
1 B3LYP/6-31G* opt
2 PM6 opt freq
把2得到的热力学校正量加到1输出的能量上
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-24 15:16:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2014-12-24 19:08 编辑

谢谢,也就是说,步骤如下:
1)我以前已经用B3LYP/6-31G* opt优化好的结构;再次计算单点能。
2)用PM6 opt freq半经验方法,运行一下优化后的结构,获得矫正量。然后用此矫正量,加上DFT方法输出的单点能上,就是这样吧?
我没有基础,所以要以一点点问,谢谢哈!

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发表于 Post on 2014-12-25 09:26:44 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2014-12-24 15:16
谢谢,也就是说,步骤如下:
1)我以前已经用B3LYP/6-31G* opt优化好的结构;再次计算单点能。
2)用PM6  ...

就是这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-25 12:19:35 | 只看该作者 Only view this author
好 谢谢SOB.

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