蛋白被charmm-gui赋予电荷值是怎么得到的？

乐乐乐

我用charmm-gui给蛋白赋予amber99sb力场，得到的itp文件中包含了电荷信息。请问这个电荷信息是怎么得到的？

student0618

这是蛋白力场有的电荷吧，“怎样得到”应参考力场的原文。
BTW 有什么原因要用AmberFF99SB而不是新的力场？

乐乐乐

student0618 发表于 2024-9-24 14:54
这是蛋白力场有的电荷吧，“怎样得到”应参考力场的原文。
BTW 有什么原因要用AmberFF99SB而不是新的力场 ...

其他论文里是用高斯和Multiwfn来配置电荷再赋予力场的，我感到疑惑的一点是力场赋予不就把他之前的电荷覆盖了吗？

student0618

那些是小分子或者没参数的非标准残基吧？

乐乐乐

student0618 发表于 2024-9-24 19:02
那些是小分子或者没参数的非标准残基吧？

您的意思是蛋白质的电荷力场就可以赋予，小分子的才要以上软件处理？(我第一次用GMX，一些概念可能有点混)

student0618

蛋白力场的电荷是开发者们已经优化好的，所以一般来说可以直接用。
小分子或是自定义的残基如果在力场中没参数就要补，例如amber力场可以用Multiwfn/Sobtop等软件处理。

乐乐乐

student0618 发表于 2024-9-24 19:28
蛋白力场的电荷是开发者们已经优化好的，所以一般来说可以直接用。
小分子或是自定义的残基如果在力场中没 ...

哇，原来如此。那大佬，质子化后的蛋白质也是一样的操作吗？

student0618

Amber等全原子力场是考虑质子化后的蛋白，CHARMM-GUI处理蛋白时会先给它加氢的。

乐乐乐

student0618 发表于 2024-9-24 20:11
Amber等全原子力场是考虑质子化后的蛋白，CHARMM-GUI处理蛋白时会先给它加氢的。

我理解的质子化就是有PH的存在引起的。我用charmm-gui利用PDB Reader & Manipulator模块处理蛋白时，里面有涉及到设置PH，这是否意味着我已经用charmm-gui完成了质子化？

并且我之后利用力场转换模块对蛋白赋予力场，得到gro、pdb、itp文件，我这样的处理流程有是正确的吗

sobereva

这种目的CHARMM-GUI不是应该首先考虑的。GROMACS用户目前产生蛋白质+配体拓扑文件最标准做法：把AMBER14SB力场包拷到gromacs的top目录下，然后用pdb2gmx产生蛋白质的AMBER14SB力场的拓扑文件，其中各个残基的原子电荷都是力场本身直接定义的。然后小分子配体用sobtop产生基于GAFF力场和RESP电荷的拓扑文件。

推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统地学一学，就全明白了，少走无数弯路。

student0618

蛋白质子化有很多方法，我忘了CHARMM-GUI在用哪种，可能要看它的手册。记得除了自动assign以外它也可以自己定义特定胺基酸protonation state的。

其实CHARMM-GUI 自己的说明也很详尽的，也有很多video demo手把手教学，打算要用CHARMM-GUI 但没任何MD基本知识建议先看一看。
很多蛋白+水+离子体系可以用Solution builder傻瓜式的处理。

一个流程是否正确对每个体系来说都不同，不知道你的体系有什么很难回答的，随便回答并不恰当。举例说如果目的是模拟一个膜蛋白，直接按其他教程的做法把它放水盒子不放膜显然不合理，我答是的话只会误导你。

如果要自学MD基础太难，条件许可的话大概可试试社长的培训班，我看介绍内容是与时并进且有系统的。