气体吸附 MS-forcite模块 跑气体分子的均方位移MSD 求助力场类型选择

pendft

如图1所示，对材料（晶面）的上表面中的一个原子进行了替换，作为掺杂方式，用material studio的forcite模块对掺杂材料（晶面）上气体分子的均方位移进行计算，有如下问题，希望有大佬帮助解答：

一.期间使用了分别选择了2种力场（universal和compass）进行了尝试，

1.其中同类型文献中使用compass力场的居多，但是不知道为什么自己使用forcite模块中的compass力场进行结合优化任务，会出现如图2的情况：材料分子结构的变形非常大（好像散架了，不知道这是否正常，如图3，使用castep进行几何优化变形不会这么大）；如图4，每个原子的具体力场类型也是自己挑选的，不是程序自动选择的，电荷是根据力场类型分配的；

计算过程中几何优化和分子动力学都必须需要使用forcite模块吗？是否可以先用castep进行几何优化，再用forcite模块跑分子动力学，使用castep进行几何优化不会使材料分子结构出现“散架情况”，并且能够较好模拟吸附情况；

2.如图5，使用universal力场进行计算时，电荷（charge）方式选择了“”，由于材料中的1个原子进行了替换（掺杂），掺杂原子比被替换院子高了1个formal charge，因此在formal charge上，整个体系没有处于电中性，为了能够使用“”方法对每个原子计算电荷（charge和formal charge并不是同一个东西），我将边缘处的一个氧原子formal charge进行了手动修改，使得计算能够进行，但是其中的一个气体分子

二.同样模型在相同的计算的参数下，计算得到的均方位移（MSD）不同，差别较大（如ch4气体计算了3次，第120帧的MSD分别为89、120和361），不知道是什么原因？

lammps大王

你好同学，我是用ms做分子动力学模拟，主要是做分子筛中小分子的扩散行为，想跟您交流一下扩散相关知识可以吗？

pendft

lammps大王 发表于 2025-12-15 18:44
你好同学，我是用ms做分子动力学模拟，主要是做分子筛中小分子的扩散行为，想跟您交流一下扩散相关知识可以 ...

对于这方面我也是小白，不过欢迎随时交流