如何从两个分子的结合能计算结果判断哪个分子与某一固定分子结合最紧密

xiewei · 发表于 Post on 2024-10-17 11:22:16

老师您好，我用不同的B、C、D、E单体与分子A进行结合，结构优化后分别计算他们的结合能，通过结合能筛选出与A结合最紧密的单体，计算结果中有的分子与A的结合能是正值，有的是负值，我看文献中有的是按照结合能的绝对值最大来筛选最佳的单体，有的是按照结合能负的最多的来筛选最佳单体，请问我该用哪一种方法来确定最佳单体呀?我是否可以这样理解：结合能的绝对值越大说明他们之间结合的更加紧密，然后结合能负的越多则说明他们之间更容易结合在一起

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-17 12:16:37

先说清楚结合能是怎么算的，电子能量求差还是自由能求差还是什么情况，如果是前者，说明计算方式存在硬伤

xiewei · 发表于 Post on 2024-10-18 11:30:18

sobereva 发表于 2024-10-17 12:16
先说清楚结合能是怎么算的，电子能量求差还是自由能求差还是什么情况，如果是前者，说明计算方式存在硬伤

老师我是按照这个流程计算的自由能，然后求差得到结合能

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 10:12:31

xiewei 发表于 2024-10-18 11:30
老师我是按照这个流程计算的自由能，然后求差得到结合能

如果你已经用molclus做了二聚体构型搜索，确保你计算的都是对应各种二聚体的能量最低构型，那么自由能求差得到的结合自由能越负，说明热力学上结合越稳定，而且只有负值的能自发结合，可以参考下文的讨论
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674（http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html）

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